为了实现医改目标，卫生部在推进4万多家基层医院配备和使用基本药物，作为建设基本药物制度的一大重点工作，但是药店在销售基本药物中的作用却一直被忽略。在卫生部门看来，39万家药店实在太多，推进基本药物要保障采购和配备以及使用，太多药店不适合基本药物的招标采购模式，药店过多也不便于实施基本药物“零差率”补贴。
尽管政策给予药店的支持不够，但随着基本药物制度的推进，药店日益成为基本药物销售的主角，造成与政策制定初衷不符的原因，是基层医疗机构依然靠“以药养医”生存。很多医院或医生为了提高收入，主动把处方交给患者，让患者去药店购买药物，回头再到医院报销，医院或医生与药店分享利益。造成这种现象的根本原因还是，基层医疗机构补贴不足。因此，原本并非基本药物销售主流的药店却成了维持“以药养医”的主流，这也是很多地方的基层医疗机构无法配备和使用基本药物的原因。
现在，卫生部门已经逐步认识到药店在基层医疗中的作用。在暂时无法“医药分开”的情况下，药店还是能通过处方外配为基本药物制度建设作出一些贡献的，曾几何时，医院是多么不情愿把处方拿出来啊。
基本药物难以进入药店的原因之一是补贴难，中国医药企业管理协会会长于明德在卫生部开会时就提出了这个问题：“药店卖基本药物怎么能‘零差率’，药店要交房租、水电，是有成本的。”然而，药店经营品种多、利润来源丰富，并不依赖于基本药物实现赢利，反而更有动力持续销售基本药物。
按照商务部的规划，在一些药店分布比较多的社区，基层医疗机构已经没有继续卖药的必要了，很多发达地区都是如此。只有把药品销售环节完全从医院中剥离出来，才能加快实现“医药分开”，否则，医疗机构和药品销售纠缠不清，终难以打破“以药养医”的困局。打破基层医疗机构“以药养医”，就从处方外配给药店开始吧。